Informace pro uživatele

Konfigurace clusteru:

celkem 480 jader, 24 uzlů po 2 CPU po 10 jádrech
RAM 96GB na uzel, 4.8 GB na jádro
SSD 480GB na uzel
frontend s diskovým polem 64TB

Aktuality

jaro 2018 - instalace 20 nodů clusteru, provizorní datový prostor na Astře, provizorní virtuální frontend charon-ft
podzim 2018 - instalován dedikovaný frontend charon.nti.tul.cz, diskové pole 64TB
jaro 2019 - instalace dalších 4 uzlů

Nový účet

Prvně podejte přihlášku do Metacentra (sdružení výpočetních clusterů v ČR).

Na clusteru mohou počítat všichni uživatelé Metacentra. Uživatelé Technické univerzity, zejména Fakuly mechatroniky a Ústavu CxI mohou získat privilegovaný přístup zahrnující:

přednostní spouštění úloh přes frontu “charon”
přístup k vyhrazeným uzlům charon21 - charon24, viz. "fronta charon_2h" níže
větší prostor pro HOME na úložišti clusteru
podporu dle dohody

Pro priviegovaný přístup pošlete na adresu jan.brezina@tul.cz:

uživatelské jméno v Liane
uživatelské jméno v Metacentru

Datové úložiště

Diskové pole o kapacitě 64TB je připojeno přes rychlou konektivitu OmniPath. Obsahuje domovské adresáře uživatelů. Ze strojů metacentra je úložiště dostupné přes adresář:

/auto/liberec3-tul

Přístup z Windows (a z Linuxu přes Sambu) přes Liane autorizaci se připravuje.

Spouštění výpočtů

Příhlášení

Přípravu a spouštění výpočtů probíhá z příkazové řádky na "frontendu":

charon.nti.tul.cz

Je třeba se přihlásit pomocí SSH klienta

klienti Windows, doporučujeme Putty (+ případně WinScp pro přenost dat)
klienti Linux
JobPanel - desktopová aplikace sjednocující spouštění a správu úloh včetně přenosu dat (první verze březen 2018)

Poznámka: Úlohy na Charonu je možné spouštět i z jiných frontendů Metacentra, avšak pozor, domovské adresáře frontendů nejsou totožné. Úloha pak může být zpomalena prací s daty mimo Liberec.

Spouštění úloh

Výpočetní úlohy se spouští přes dávkový systém PBS, viz. podrobné návody na Metacentru:

Komentovaný příklad spouštění.
Příklad specifikace zdrojů v PBS skriptu.
Specifikace zdrojů; pro použití lokálních scratch disků použijte výhradně volbu: -l scratch_ssd=...
Vlastnosti strojů - přehled různých tagů, kterými lze specifikovat na které množině strojů může úloha běžet
Interaktivní úlohy umožňují rezervovat prostředky pro interaktivní práci, příklad:

qsub -I -q charon -l select=1:ncpus=2:mem=8gb:scratch_ssd=10gb -l walltime=1:00:00

pro přednostní spuštění na Charonu použijte frontu charon:

qsub -q charon …

Výchozí nastavení pro procesy spouštěné přes dávkový systém PBS je, že jimi vytvořené soubory mají práva pro čtení a zápis pouze uživatelem (umask 0077). Pokud chcete výsledky výpočtů dostupné pro čtení (nebo zápis) i jinými uživateli použijte parameter '-W ' příkazu 'qsub'. Např. pro vytváření souborů přístupných pro čtení a spouštění (procházení adresářů) pro všechny uživatele, použijte:

qsub -W 0077 -q charon …

Fronta charon_2h

Uživatelé ve skupině charon mají možnost spouštět PBS úlohy ve frontě 'charon_2h'. Tyto úlohy jsou spouštěny na vyhrazených uzlech charon21 - charon24. Úlohy jsou limitované dobou běhu 2 hodiny. Tato fronta je určená především pro rychlejší odezvu při ladění výpočtů a menší úlohy. Během noci (zhruba od 22h) jsou vyhrazené uzly využívány pro automatické výkonnostní testy SW Flow123d.

Dostupný SW

Předinstalovaný SW je dostupný přes moduly, seznam dostupných modulů:
module avail
Flow123d je dostupný v různých verzích přes moduly:
flow123d/2.2.1

flow123d/3.0.0
OpenFOAM (kontaktujte Petra Šidlofa
další SW dostupný na Metacentru
pro pomoc se zprovozněním jiného SW pište na podporu metacentra